Discussion:Eukaryota (classification phylogénétique)

Pas de consensus

Est-il pertinent de commencer l'article par un arbre phylogénétique qui donne l'illusion d'un consensus alors c'est loin d'être acquis (cf. le débat scientifique qui suis le premier paragraphe ?--Cayau qui bique (d) 11 octobre 2011 à 06:13 (CEST)

C'est ici toute une série concernant la totalité du vivant cellulaire connu. Le but de ces articles est précisément de présenter un arbre, tout en en relativisant le contenu s'il est encore en débat. Pour aller plus loin, il y a les articles portant directement le nom des différents taxa, ainsi que la biblio en bas de page, qu'on essaye de tenir à jour en fonction de ce qui est lisible notamment sur internet. L'intro de chaque article, identique pour toute la série, rappelle d'ailleurs que des points font débat.

Cordialement, David Mitrani (d) 11 octobre 2011 à 10:16 (CEST)

Le but est par conséquent peu louable étant donné l'absence de consensus. Je suis chercheur, lorsque je publie un article, je ne me réfère qu'à la nomenclature consensuelle. Si vous voulez donner un but à un article, on peut aussi débattre si un article doit avoir un but, se serait de relever les états de la connaissance sur la recherche de la classification phylogénétique MAIS SANS prendre parti pour une option où l'autre. Sur quelle base documentaire l'arbre en début d'article est-il basé sinon votre propre sélection? La seule base documentaire valise serait un article qui reprends ce qui est consensuel et qui est validé par ses pairs.--Cayau qui bique (d) 12 octobre 2011 à 06:18 (CEST)

J'admets la remarque, mais je ne vois guère qu'elle s'applique ici. La plupart de ceux qui contestaient cette phylogénie l'ont rejointe les uns après les autres, à quelques nuances près : Yoon et Bhattacharya, Cavalier-Smith,... Les divergences restantes font l'objet du chapitre sur les débats.

Par ailleurs, si votre remarque est justifiée, elle invalide toute possibilité d'article sur des sujets en débat, à moins de n'en faire qu'un exposé des théories divergentes. Ce qui, encore une fois, renvoie à un paragraphe là-dessus dans les articles sur les taxa eux-mêmes.

Mais je vais récrire autrement les intros des articles de la série, dès que j'aurai un peu de temps.

David Mitrani (d) 12 octobre 2011 à 09:25 (CEST)

En science on ne fonctionne pas comme en religion, il ne suffit pas qu'un article soit publié pour qu'il obtienne le statut de dogme irrévocable. Les alignements phylogénétiques ne fournissent pas une vérité mais simplement une base pour élaborer des hypothèses. Vous affirmez que la plupart de ceux qui contestaient «cette phylogenèse» l'ont rejointe les uns après les autres. Fort bien, quel sont ces auteurs qui ont contesté puis validés ces articles ? Avez-vous des références ? Si vous n'en avez pas, sur quoi basez-vous vos affirmations ? Soyons francs, lorsque je consulte la littérature relatives à la classification des Eucaryotes, je ne vois pas une phylogenèse consensuelle mais un ensemble d'hypothèses non encore validées. En absence de consensus, tenter de créer un arbre phylogénétique des eucaryotes ne peut se faire qu'en prenant parti pour l'une ou l'autre hypothèse. La remarque que je fais s'applique particulièrement ici.

Je suis abasourdi par votre commentaire "si votre remarque est justifiée, elle invalide toute possibilité d'article sur des sujets en débat, à moins de n'en faire qu'un exposé des théories divergentes." C'est précisément le rôle d'une encyclopédie de faire un exposés des théories divergentes sans prendre parti. Je proposerai, pour ma part, une autre introduction dans les prochains jours. --91.180.56.58 (d) 12 octobre 2011 à 19:20 (CEST)

Vos remarques sont parfaitement désobligeantes (surtout de la part de quelqu'un qui signe avec une IP et pas un pseudo) et parfaitement infondées. Cet arbre, comme les autres, est en constante amélioration, mais ce n'est pas vous qui vous en chargez, à ma connaissance, c'est moi (et quelques autres qui, heureusement, corrigent mes erreurs). Je n'ai aucune prétention à l'infaillibilité, contrairement à ceux qui, ici, se camouflent sous une improuvable étiquette scientifique. Je redis par ailleurs que les articles portant sur les taxons développent abondamment (parfois) les différentes phylogénies concurrentes. La place accordée même ici aux hypothèses de Nozaki le dit assez...

David Mitrani (d) 12 octobre 2011 à 20:01 (CEST)

Personnellement j'ai remarqué une nette stabilisation de l'arbre au cours de ces dernières années. Les branchements restent globalement les mêmes d'un auteur à l'autre (si on considère les arbres non enracinés), autrement dit il n'y a plus aujourd'hui de groupes dont la polyphylie est disputée. Ce qui change énormément par contre selon les auteurs c'est la nomenclature et l'emplacement des racines. L'apparente instabilité de la phylogénie des eucaryotes trouve son origine dans la nomenclature phylogénétique qui se restreint aux groupes holophylétiques. La dernier papier de Cavalier-Smith qui place la racine des eucaryotes parmi les euglénozoaires semble beaucoup plus solide que toutes les hypothèses précédentes. Je pense donc que la phylogénie des eucaryotes est aujourd'hui stabilisée même s'il faudra attendre un consensus a posteriori. Cette analyse n'engage que moi et il s'agit clairement d'un parti pris, je ne m'en cache pas. Mais je ne pense pas que l'on prenne trop de risques en suivant cette tendance dans l'encyclopédie. Iossif63 (d) 12 octobre 2011 à 19:40 (CEST)

Merci de ce témoignage ! David Mitrani (d) 12 octobre 2011 à 20:01 (CEST)

Intro

Voilà, j'ai modifié les intros de tous les articles, en relativisant l'arbre présenté.
David Mitrani (d) 12 octobre 2011 à 22:09 (CEST)